Существуют три основные теории, объясняющие происхождение башкир: тюркская, финно-угорская и иранская.
Генетические исследования показывают, что наиболее распространенными Y-хромосомными гаплогруппами среди башкир являются R1b (47,6%) и R1a (26,5%), встречающаясяв Восточной Европе, Иране и Индии.
А также N1a1 (17%), встречающаяся по всему северу Восточной Европы и Сибири