Несмотря на распространенное мнение, болезнь нарколепсия не относится к классическим наследственным заболеваниям. Однако выявлены генетические маркеры, повышающие риск ее развития, в частности варианты в системе HLA. Они не запускают болезнь напрямую, но создают фон, при котором аутоиммунные процессы могут повреждать нейроны, продуцирующие гипокретин. Поэтому наличие генетических вариантов не означает обязательного появления симптомов, а лишь увеличивает вероятность.